突出专业化建设
实行“捕诉一体”新的办案机制，按照一个事情由一个机构负责到底的原则，统一履行审查逮捕、审查起诉、支持公诉、诉讼监督等职能，提升检察官办案专业化水平。以案件类型和业务性质为基础统一设置一线业务机构，一律称“部”，负责人统一称“主任”。
推动“四大检察”全面协调发展
在设立第一至第五刑事检察机构基础上，通过单独设立民事行政检察、公益诉讼检察机构，来强化民事、行政、公益诉讼人员配备和力量投入，在员额配置、年龄结构上均进行了优化，民事行政检察部门人员配置增幅28.6%，推动解决“重刑轻民”“重刑事轻行政”等问题。
体现省会意识、回应群众关切
根据长沙经济发展以及长沙检察办案情况，因地制宜较省内其他市州院多设置2个左右内设机构。围绕满足当前社会对未成年人司法保护和维护司法公平公正的关切，单独设立了未成年人检察和司法人员职务犯罪侦查机构。为有效对接长沙知识产权保护大格局，特设全省唯一的知识产权检察部。
办公室（新闻办公室）
负责机关文电、会务、机要、档案、保密等工作。协助院领导处理检察政务，组织协调院重要工作部署、重大决策的贯彻实施。起草审核相关文件文稿，处理检察信息，编发内部刊物。负责人大代表、政协委员联络工作和特约检察员联系工作。负责领导同志批办事项督查工作。指导、协调、管理全市检察机关新闻宣传和舆论引导工作。
第一检察部
负责对法律规定由市人民检察院办理的除第二、三、九部检察部承办案件以外的刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。
第二检察部
负责对法律规定由市人民检察院办理的危害国家安全罪、危害公共安全罪和故意杀人、抢劫、毒品犯罪等刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。
第三检察部
负责对法律规定由市人民检察院办理的市监察委员会移送职务犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关审判监督以及相关案件的补充侦查。负责对法律规定由市人民检察院办理的除第九检察部承办案件以外的破坏社会主义市场经济秩序罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查以及相关案件的补充侦查。办理相关刑事申诉案件。
第四检察部
负责对法律规定由市人民检察院办理的未成年人犯罪和侵害未成年人犯罪案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查以及相关案件的补充侦查。开展未成年人司法保护和预防未成年人犯罪等工作。
第五检察部
负责对法律规定由市人民检察院办理的司法工作人员利用职权实施的非法拘禁、刑讯逼供、非法搜查等侵犯公民权利、损害司法公正的犯罪，以及按照刑事诉讼法规定需要由人民检察院直接受理的其他重大犯罪案件的侦查。
第六检察部
负责办理向市人民检察院申请监督和提请抗诉的民事、行政案件的审查、抗诉；承办对市中级人民法院民事、行政诉讼活动的法律监督，对审判监督程序以外的其他民事、行政审判程序中审判人员的违法行为提出检察建议，对民事、行政执行活动实行法律监督。开展民事支持起诉工作。办理民事、行政申诉案件。
第七检察部
负责对法律规定由市人民检察院办理的破坏生态环境和资源保护、食品药品安全领域侵害众多消费者合法权益等损害社会公共利益的民事公益诉讼案件，生态环境和资源保护、食品药品安全、国有财产保护、国有土地使用权出让等领域的行政公益诉讼案件，侵害英雄烈士姓名、肖像、名誉、荣誉的公益诉讼案件。负责对市中级人民法院开庭审理的公益诉讼案件，派员出席法庭，依照有关规定提出检察建议。办理公益诉讼申诉案件。
第八检察部
负责受理向市人民检察院的控告和申诉。承办市人民检察院管辖的国家赔偿案件和国家司法救助案件。
第九检察部
负责对法律规定由市人民检察院办理的知识产权领域刑事案件的审查逮捕、审查起诉、出庭支持公诉、抗诉，开展相关立案监督、侦查监督、审判监督、羁押必要性审查以及相关案件的补充侦查。承办对市中级人民法院涉及知识产权领域的民事、行政诉讼活动的法律监督，对知识产权领域行政执行活动实行法律监督。负责办理法律规定由市人民检察院办理的知识产权领域公益诉讼案件。办理相关刑事申诉案件。
法律政策研究室
调查研究国家公布的与检察工作有关的法律、法规、政策的执行情况，提出意见和建议。指导并组织全市检察理论研究工作。负责司法体制改革综合协调相关工作。承担市人民检察院检察委员会日常工作。
案件管理办公室
负责案件的统一受理流转、办案流程监控、涉案财物监管、法律文书监管、案件信息公开。统一组织办案质量评查、业务考评和业务统计分析研判。组织指导人民监督员工作。负责业务信息化需求统筹，指导全市检察机关统一业务应用系统的应用。
检务督察部（巡察工作领导小组办公室）
承担对全市检察机关执行法律、法规和上级人民检察院的规定、决定的情况进行督察。承办全市检察官惩戒有关具体工作。承担内部审计工作。承担市人民检察院党组巡察工作领导小组日常工作。
计划财务装备部
制定实施全市检察机关财务和装备计划；编制市人民检察院支出规划和部门预决算。负责市人民检察院财物管理、国有资产管理、政府采购等工作。
检察技术部
负责对全市检察技术工作的指导。组织落实上级人民检察院制定的检察技术工作计划和业务规章制度。组织专业技术人员的业务培训。按权限承担案件的现场勘验、检验鉴定、技术性证据审查和技术协助等工作。组织全市检察机关对重大技术疑难案件的会检。制定本地区的检察信息化发展计划，组织信息化建设、应用、管理、维护，保障信息网络安全等工作。
政治部（司法警察支队）
负责思想政治、组织人事和教育培训、离退休人员管理服务等工作。负责司法警察队伍建设、警务事项和警用装备管理等工作。政治部内设干部科、宣传教育科、综合科。
机关党委
负责机关和直属单位的党群工作。